ปลานิลเป็นปลาเศรษฐกิจที่สำคัญของไทย ไทยผลิตปลานิลได้สูงถึง 221,042 ตันในปี 2552 (กรมประมง 2554: ออนไลน์) คิดเป็น 42% ของผลผลิตการเลี้ยงสัตว์น้ำจืด และมีแนวโน้มการส่งออกสูงขึ้นอย่างต่อเนื่อง โดยในปี 2551 มีมูลค่าการส่งออกกว่า 1,014.6 ล้านบาท แม้ว่าลู่ทางการส่งออกสดใส แต่ปัญหาสำคัญในการเลี้ยงปลานิล คือ โรคปลานิลและปลาตายระหว่างการเลี้ยงเนื่องจากปัญหาคุณภาพน้ำ
การคัดเลือกลูกพันธุ์ปลานิลที่แข็งแรง โตเร็วเป็นสิ่งจำเป็นมาก เพราะจะช่วยลดอัตราเสี่ยงของการเกิดโรค การได้มาซึ่งลูกปลาที่ดีก็ต้องมองกันถึงพ่อแม่พันธุ์ หากมีโอกาสควรไปเยี่ยมชมฟาร์มก่อนซื้อลูกปลา ต้องมั่นใจว่าฟาร์มผลิตมีมาตรฐานเชื่อถือได้ เช่น มีพ่อแม่พันธุ์จำนวนมากเพื่อป้องกันปัญหาเลือดชิด มีระบบการคัดเลือกและปรับปรุงสายพันธุ์ บางฟาร์มมีการรับประกันคุณภาพ
ลูกพันธุ์จะต้องมีขนาดพอเหมาะไม่เล็กเกินไป เพราะจะมีอัตรารอดที่ต่ำ ขนาดสม่ำเสมอ ควรตรวจสอบรอยโรคและความแข็งแรงของลูกพันธุ์ โดยสังเกตจากลักษณะภายนอกด้วยตาเปล่า ลำตัวต้องไม่มีสีซีดผิดปกติ ตัวไม่เป็นรอยด่าง ไม่ช้ำเลือด หรือมีแผลบริเวณลำตัว เกล็ดไม่หลุด ครีบไม่หักกร่อน ไม่ว่ายน้ำและการทรงตัวที่ผิดไปจากปกติ เช่น อาการว่ายน้ำแบบควงสว่าน หรือเซื่องซึมว่ายน้ำช้าหรือไม่ค่อยว่ายน้ำเลย อาการเหล่านี้อาจบ่งชี้ได้ว่าลูกปลามีความสุ่มเสี่ยงต่อการเกิดโรคได้ง่าย
ปรสิตที่พบบ่อยบริเวณเหงือกและลำตัวของลูกปลานิล คือ เห็บระฆัง (Trichodina sp.) ซึ่งมีขนาดเล็กมากไม่สามารถมองเห็นด้วยตาเปล่า ต้องตรวจสอบภายใต้กล้องจุลทรรศน์ ปลาที่ถูกเห็บระฆังเกาะจะมีเมือกมาก อาจทำให้เกล็ดหลุด ถ้าเกาะที่เหงือกมาก ๆ จะทำให้เหงือกกร่อน อาจมีการติดเชื้อแบคทีเรียได้ ปลิงใสเป็นปรสิตอีกตัวที่สร้างความเสียหายกับลูกปลานิล ส่วนใหญ่พบเกาะอยู่ตามซี่เหงือกและบริเวณผิวหนัง ที่พบบ่อย คือ ไจโรแดคทิลัส (Gyrodactylus sp.) และแดคทิโรไจรัส (Dactyrogyrus sp.) ส่วนปลิงใสที่มักพบจำเพาะในปลานิล มีชื่อว่า ซิคลิโดไจรัส (Cichlidogyrus sp.) ปลาที่มีปรสิตพวกนี้เกาะอาจจะมีสีตัวเข้มกว่าปกติ กินอาหารน้อยลง หากมีเกาะบริเวณซี่เหงือกในปริมาณมาก ทำให้เหงือกบวม อักเสบและการแลกเปลี่ยนอากาศของปลาลดลง ทำให้ปลาตายได้
โรคตัวด่างเกิดจากเชื้อฟลาโวแบคทีเรี่ยม (Flavobacterium columnare ชื่อเดิม คือ Flexibacter columnaris) ปลามักติดเชื้อแทรกซ้อนเข้าไปหลังจากปลาเกิดแผลถลอก หลังจากตีอวน คัด
แยกหรือขนส่ง รวมทั้งปลาเครียดจากสภาวะที่ขาดออกซิเจนหรือมีการเปลี่ยนแปลงอุณหภูมิอย่างรวดเร็ว ปลาจะมีตัวสีด่างซีดเป็นแถบ ๆ มีเมือกมากผิดปกติ ครีบกร่อน เหงือกกร่อน อาจมีการสร้างสารสีเหลืองเกิดขึ้นบริเวณบาดแผล ลูกปลาที่ติดโรคนี้จะตายจำนวนมากหรือตายหมดชุด ดังนั้นก่อนนำปลาลงบ่อควรจะแช่ลูกปลาในด่างทับทิบ 2 มิลลิกรัมในน้ำ 1 ลิตร นาน 30 นาที หรือเกลือแกง 5 กรัมต่อน้ำ 1 ลิตร
การคัดเลือกสายพันธุ์ลูกปลานิล ก่อนนำมาเลี้ยง จึงเป็นสิ่งสำคัญยิ่งต่อเกษตรกรผู้เลี้ยงปลานิล เพราะถ้าลูกปลานิลที่ไม่มีการคัดเลือกพันธุ์ก่อน ก็มักจะทำให้เกิดปัญหาตามมาทีหลังในหลายด้าน ทั้งเรื่องโรค การเจริญเติบโต ปลาออกลูกในบ่อและระยะเวลาในการเลี้ยง ดังนั้น ก่อนจะหาลูกพันธุ์ปลานิลมาเลี้ยง ควรจะศึกษา หาข้อมูล วิธีการคัดเลือกลูกพันธุ์ปลานิล และแหล่งที่มาของลูกพันธุ์ปลานิลให้ละเอียด ก่อนจะตัดสินใจนำลูกพันธุ์ปลานิลมาเลี้ยง เพื่อประโยชน์ของเกษตรกรผู้เลี้ยงปลานิลเอง
